از جمله آفات و بیماری های فلفل می توان به موارد زیر اشاره کرد:
سوسک بلیستر
این سوسک راه راه هم دوست و هم دشمن است زیرا انوع بزرگسال آن از گیاه فلفل و سایر سبزیجات تغذیه می‌کنند اما لارو آن‌ها تخم ملخ‌ها را می‌خورند. سوسکهای بالغ را با آب صابون از بین ببرید اما هنگام اینکار برای جلوگیری از برخورد پوست دست به سوسک، حتما دستکش بپوشید.
کرم‌ها
این کرم‌های صد پا دور ساقه‌ی جوان حلقه می‌زنند و از آن تغذیه می‌کنند. از این کرم‌ها و سایر نماتدهای مفید برای خاک استفاده کنید.
کرم‌های گوجه‌فرنگی
این لارو سبزرنگ که متعلق به انواع پروانه‌ها است سوراخ‌های متعدی در برگ ایجاد می‌کند و حتی ممکن است گیاه جوان را کاملا از بین ببرد. این کرم‌ها را با دست از گیاه جدا کنید و داخل آب صابون بیندازید.
سوسک فلفل
این حشرات ۶ میلی‌متر طول و رنگ خاکستری تیره دارند و تخم‌های خود را در جوانه یا میوه‌ی فلفل می‌گذارند. لارو این حشره در قسمت داخلی بافت نرمِ فلفل حفره ایجاد می‌کند. برای از بین بردن این حشرات از شکارچیان طبیعی‌شان مثل پرنده‌ها و زنبورها استفاده کنید.
Root-Knot Nematodes
کرم‌هایی خاکستری در سایز میکروسکوپی هستند که منجر به پژمرده شدن و از بین رفتن گیاه می‌شوند. برای از بین بردن نماتدها در مناطق آلوده محصولات پوششی مثل گل همیشه بهار پرورش دهید.
پوسیدگی شکوفه‌ها
کمبود کلسیم منجر به این اختلال می‌شود که نقاطی به رنگ سیاه یا قهوه‌ای تیره در قسمت پایینی میوه‌های نارس ایجاد می‌کنند. گیاهان را مداوم آب دهید تا جریان یکنواخت کلسیم خصوصا در زمان میوه دادن، در داخل گیاه برقرار باشد.
از بین رفتن گیاه
احتمالا دلیل افتادن و پوسیدن ناگهانی جوانه‌ها، کاهش دما است، برای جلوگیری از این اتفاق خاک را کمی خشک نگه دارید و بیش از حد آبیاری نکنید.
لکه‌های باکتریایی
این بیماری باکتریایی منجر به ایجاد نقاط قهوه‌ای متمایل به ارغوانی در قسمت بالایی برگ‌ها می‌شود. گیاهان آلوده را جدا کنید.
ویروس‌ها
ویروس موزاییک جدی‌ترین بیماری برای فلفل‌ها است که در آن برگ‌ها باریک و ضخیم و رشته‌ای به نظر می‌رسند. گیاهانی که آسیب زیادی دیده‌اند را جدا کنید.
زنگار
این بیماری قارچی در آب و هوای گرم شایع است. بعد از کاشت گیاه مالچ و کمپوست بدهید و برای جلوگیری از کاشت مجدد فلفل به مدت دوسال در همان قسمت، گیاه را در محور خود بچرخانید.
